在《十二猴子 第三季》中，时间旅行者詹姆斯·科尔（亚伦·斯坦福 饰）与病毒学家卡桑德拉·雷利（阿曼达·舒尔 饰）继续与神秘组织"十二猴子军"展开殊死较量。本季故事将揭示更多关于时间悖论与人类命运的惊人真相，当科尔发现自己的行动可能正在加速末日的到来，他必须在忠诚与使命间做出艰难抉择。与此同时，琼斯博士（芭芭拉·苏科瓦 饰）与迪肯（柯克·埃斯沃多 饰）各自怀揣秘密，让这场跨越时空的博弈更加扑朔迷离。随着时间线不断分裂重组，所有角色都将面临无法预料的后果，而人类最后的希望或许就藏在最意想不到的地方。